与传统的反应器工艺相比，连续流微反应器技术具有传质传热效率高，反应时间短，无放大效应，安全可靠，集成度高，生产流程绿色化等诸多优点。它为化工生产提供了高效、方便的平台。
由于微反应器的反应体积小，传质传热速率快，能及时移走强放热化学反应产生的大量热量。微反应器微米级的通道尺寸小于火焰传播临界直径，因而微反应能有效地抑制气相自由基支链爆炸反应。最近的研究表明，对于反应物或总价产物有毒有害的化学反化，由于微反应器数量众多，即使发生泄漏也只是少部分微反应器，而单个微反应器的体积非常小，泄漏量非常小，不会对周围环境和人体健康造成危害。
在传统的有机合成中，一种在实验室阶段的合成路线成熟之后并不能直接入到大规模的生产中，需要经过较长时间的中试环节，该过程周期长，最终放大到生产还需继续做参数的优化，这给化工生产带来成本的提高。使用微反应器进行有机合成恰恰能避免这一环节。在其他条件不变的前提下，通常在微反应器中进行的反应起关键作用的变量是保留时间。
在遗传工程领域，许多重要化合物的生物合成已被展示出来，但考虑到诸如杂的生理系统等因素，产品的活性及其对反应条件的控制受到限制，也显示出对大规模工业生产的不适应性。作为种可选择的途径，微反应器技术将消除这些缺陷，井适合于工业化生产。微生物反应器技术已进入生物催化领域，微生物反应器技术与生物催化技术的结合将是一个重要的绿色工程，一些常用的酶微生物反应器已在均相。非均相和多相系统中表现出优异的性能。
